Родился будущий святитель в Антиохии примерно в 347 году, в семье военачальника. Его отец, Секунд, умер вскоре после рождения сына; мать, Анфуса, не стала более выходить замуж и отдала все силы воспитанию Иоанна. Юноша учился у лучших философов и риторов, рано обратился к углубленному изучению Священного Писания и молитвенному созерцанию. Святитель Мелетий, епископ Антиохийский, полюбивший Иоанна как сына, наставил его в вере и в 367 году крестил.
Через три года святой Иоанн был поставлен во чтеца. После того, как святитель Мелетий был отправлен в ссылку императором Валентом, в 372 году, святой Иоанн совместно с Феодором (впоследствии — епископом Мопсуестским) учился у опытных наставников — пресвитеров Флавиана и Диодора Тарсийского — подвижнической жизни.
В 386 году святой Иоанн был хиротонисан епископом Антиохийским Флавианом во пресвитера. На него возложили обязанность проповедовать Слово Божие. Святой Иоанн оказался блестящим проповедником, и за редкий дар Боговдохновенного слова получил от паствы наименование «Златоуст». Двенадцать лет святой, при стечении народа, обычно дважды в неделю, а иногда ежедневно, проповедовал в храме, потрясая сердца слушателей.
В 397 году, после кончины Константинопольского архиепископа Нектария, святой Иоанн Златоуст был вызван из Антиохии для поставления на Константинопольскую
Ревность святителя к утверждению христианской веры распространялась не только на жителей Константинополя, но и на Фракию, включая славян и готов, Малую Азию и Понтийскую область. Им был поставлен епископ для Церкви Боспора, находившейся в Крыму. Много трудов положил святитель на устроение благолепного Богослужения: составил чин Литургии, ввел антифонное пение за всенощным бдением, написал несколько молитв чина елеосвящения.
Находясь в Армении, святитель Иоанн старался укрепить своих духовных чад. В многочисленных письмах (их сохранилось 245) епископам Азии, Африки, Европы и своим друзьям в Константинополе, он утешал страдающих, наставлял и поддерживал своих приверженцев. Зимой 406 года святой был болезнью прикован к постели. Но враги его не унимались. Из столицы пришел приказ перевести его в глухой Питнус (Пицунду, в Абхазии). Истощенный болезнями святитель, в сопровождении конвоя, три месяца в дождь и зной совершал свой последний переход. В Команах силы оставили его. У склепа святого Василиска, утешенный явлением мученика («Не унывай, брат Иоанн! Завтра мы будем вместе»), причастившись Святых Таин, вселенский святитель со словами «Слава Богу за все!» отошел ко Господу 14 сентября 407 года.
Святитель Иоанн Златоуст был погребен в Команах. В 438 году Прокл, Патриарх Константинопольский (434—447), совершая богослужение в храме святой Софии, произнес похвальное слово памяти своего великого учителя, в котором сравнивал святителя Иоанна Златоуста со святым Иоанном, Предтечей Господним, проповедовавшим покаяние и также пострадавшим за обличение пороков.
Народ, горевший любовью к святителю Иоанну Златоусту, не дав Патриарху докончить своего слова, начал единодушно просить его обратиться к императору с просьбой о перенесении святых мощей святителя из Коман в Константинополь. Святитель Прокл отправился к царю Феодосию II (408-450) и от лица Церкви и народа просил его об этом. Император согласился и отправил в Команы особых посланников с серебряной ракой, чтобы с почетом перевезти святые мощи.
Тогда же совершилось исцеление убогого человека, приложившегося к покрову от гроба святого. По прибытии мощей святителя Иоанна в Константинополь, 27 января 438 года весь город, во главе с Патриархом Проклом, императором Феодосием, со всем его синклитом и множеством народа вышел навстречу. Многочисленные клирики со свечами, кадилами и хоругвями взяли серебряную раку и с песнопениями внесли ее в церковь святой мученицы Ирины. Когда Патриарх Прокл открыл гроб, тело святителя Иоанна оказалось нетленным, от него исходило благоухание. Припав ко гробу, император Феодосий II со слезами просил святителя простить его мать.
Народ не отходил от раки весь день и всю ночь. Наутро мощи святого были отнесены в соборную церковь Святых Апостолов. Когда рака была поставлена на патриаршем престоле, весь народ едиными устами воскликнул: «Прими престол свой, отче!» — и Патриарх Прокл со многими, стоявшими у раки, увидели, как святитель Иоанн открыл уста свои и произнес «Мир всем!».